中国民族卫生协会是经卫生部、国家民族事务委员会、民政部审核同意并报国务院批准成立的国家一级非营利性社会组织。2005年5月18日正式成立。2017年12月4日选举产生了第三届理事会。业务主管单位为国家卫生健康委员会。
党中央国务院历来十分重视民族和民族卫生工作。早在1951年12月1日，国家就提出并实施了《全国少数民族卫生工作方案》。1984年11月23日国务院办公厅转发了卫生部、国家民委《关于加强全国民族医药工作的几点意见》，提出民族医药是祖国医药宝库的重要组成部分，必须大力发展民族医药卫生事业。李维汉、乌兰夫、阿沛、阿旺晋美等老一辈无产阶级革命家、民族杰出代表提出了振兴民族卫生事业的呼唤。著名回族革命家场静仁副总理曾语重心长地讲:“提高民族卫生事业水平， 提高全民族人民健康水平，是我多年的心愿”。他说: “中华人民共和国成立后，少数民族地区的人民和全国人民一道，政治上翻了身，经济上翻了身，但少数民族地区缺医少药，地方病、多发病的问题没有从根本上得到改善。这种状况，直接影响了政治上的稳定、民族的团结。”2001年，根据乌兰夫、杨静仁、阿沛·阿旺晋美等老同志的委托，郁德水局长联系了一批志同道合的朋友，一起商议筹备中国民族卫生协会的有关事宜。
立志振兴民族医药卫生事业，发扬中华民族文化优良传统，促进民族医药走向世界，让民族医药为人民服务。
在筹备中国民族卫生协会的过程中，彭冲、布赫、洪学智、程思远、阿沛.阿旺晋美、白立忱、吴阶平、赵南起、铁木尔等领导的给予热情鼓励、指导和帮助;国家民委给予了大力的支持，李德洙主任等领导对协会的筹备工作给予了具体的指导。民政部、卫生部、国家食品药品管理局和国家中医药管理局以及名民族自治区卫生厅的领导同志和广东等地卫生厅的领导同志对协会筹备工作都给予大力支持。在协会筹备工作中，还得到了各民族地区的代表人物、海外华侨同胞、台湾地区同胞、港澳地区同胞和民族企业的支持和帮助。
经过积极紧张的筹备，卫生部于2001年6月第一次向民政部提出了组建中国民族卫生协会的申请。2003年3月18日，卫生部再次向民政部提出加快组建中国民族卫生协会的申请。经协会筹委会多方努力，民政部于2004年6月4日以《关于中国民族卫生协会筹备成立的请示》(民发[2004]80号)文呈报国务院。文中指出:“对中国民族卫生协会申请筹备成立的材料进行了认真审核，认为符合《社会团体登记管理条例》的规定，成立理由充分，业务范围明确，有规范的名称和相应的组织机构，有固定的办公场所和必要的活动资金，手续完备，不存在业务范围相同相似的其他全国性社团，符合筹备成立的条件。建议同意中国民族卫生协会筹备成立”。
2004年9月16日经回良玉副总理、2004年9月18日经吴仪副总理批示同意，国务院办公厅于2004年9月20日批复同意中国民族卫生协会成立。2004年10月15日民政部以民函〔2004〕247号文下发了《关于中国民族卫生协会筹备成立的批复》，确定“同意你会筹备成立”。“自批准之日6个月内完成筹备工作，并到我部办理申请成立登记”。
2005年5月18日，中国民族卫生协会在京西宾馆举办了隆重的成立大会！
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